前言
第一篇 源頭
第一章 基督信仰成為崩潰中的羅馬帝國的國教
第二章 基督信仰與希臘理性首次結合：奧古斯丁與柏拉圖
第三章 「基督太平」：政治宗教化下的歐洲大一統
第四章 基督信仰與希臘理性二度結合：阿奎那與亞里士多德
第五章 西方第一組文化基因：「真」與「唯一」
第六章 災難來臨：西方人心理失衡
第七章 大變前夕：腐化的教會面對湧現的民族意識和人文思想
第二篇 物競
第八章 充滿犯罪感的宗教改革
第九章 宗教政治化的歐洲大混亂：西班牙帝國的盛衰與國家理念的抬頭
第十章 迷惘、無奈的時代：命蹇的伽利略
第十一章 絕無原則的法國內爭產出樂觀、憫人的理性主義
第十二章 做夢的笛卡兒帶出「天賦理念」
第十三章 絕對原則的英國內爭產出悲觀、功利的經驗主義
第十四章 做官的洛克帶出「天賦自由」
第十五章 理性主義與經驗主義之爭
第十六章 西方第二組文化基因：「人」與「個人」
第三篇 天擇
第十七章 理性主義與經驗主義從和解有望到和解絕望
第十八章 法國從盛到衰：理性主義藏身於浪漫盧梭的「天賦平等」
第十九章 大英崛起：斯密的「追求私利可達公益」
第二十章 資本成形：達爾文的「自由競爭」是天演原則
第二十一章 英美交替：自由、資本交棒
第四篇 適者？
第二十二章 資本世界：功利文明全球化
第二十三章 自由、功利壓倒平等意識：資本主義腐蝕共產主義
第二十四章 自由、功利戰勝民族意識：資本主義擊敗國家主義
第二十五章 自由、功利取代生命意義：資本主義吸納存在主義
第五篇 生存？
第二十六章 個人：小我與大我，公眾與公共
第二十七章 「不損害別人自由的個人自由」是不可能的
第二十八章 自由與平等
第二十九章 民主：「是人民的、由人民的、為人民的政府」可能嗎？
第三十章 資本主義與自由經濟
第三十一章 資本主義是以錢賺錢
第三十二章 法治、人權是資本主義之盾
第三十三章 「唯一、真」、「人、個人」兩組文化基因的糾纏：民族性格、時代心態、歷史背景與契機的互動
第三十四章 大國盛衰的邏輯
後記
附錄
1. 神聖羅馬帝國（第一篇第三章）
2. 雇傭兵（第一篇第六章）
3. 宗教改革時代各教派教義的分別（第二篇第八章）
4. 荷蘭崛起（第二篇第九章）
5. 理性主義三傑與經驗主義三傑的主要思路（第二篇第十五章）
6. 英式自由貿易，糧食法案為例（第三篇第二十章）
7. 天定命運（第三篇第二十一章）
8. 德國統一（第四篇第二十四章）
9. 康德的先驗（第四篇第二十五章）
10. 英國大憲章（第五篇第二十九章）